霍尔果斯市位于伊犁哈萨克自治州霍尔果斯经济开发区（市）境内，地理坐标为东经80°29′，北纬44°14′。地处亚欧经济板块的中心位置，国道312线（上海—霍尔果斯经济开发区）最西端，陇海—兰新铁路国际新通道最西端，霍尔果斯口岸是西北地区最大的陆路一类口岸。紧邻中亚，联通欧洲，具有优越的战略性区位优势。霍尔果斯口岸距伊宁市90公里，距乌鲁木齐市670公里。对方口岸为哈萨克斯坦霍尔果斯口岸，距中方口岸仅15公里，距哈萨克斯坦雅尔肯特市（原名潘菲洛夫市）35公里，距中亚中心城市、哈萨克斯坦原首都阿拉木图市306公里。霍尔果斯经济开发区南部工业园区位于霍尔果斯经济开发区（市）内。北临兵团霍尔果斯口岸工业园区A区，南临63团和莫乎尔乡边界，西侧与62团、63团接壤边界，东临六十三团一库。

市区面积1908.55平方公里，辖1乡1片区2个团场4个街道和13个社区，是集边境区、口岸城、商贸型、国际化特点为一体的综合性城市。